凭借多年的临床经验，盛吉芳在省内疫情还未开始流行前就未雨绸缪，紧急召集科室骨干制定应急防治方案。在2020年1月19日感染科收治浙大一院第1例确诊患者时，她所在的科室已经做好了充分的准备。
在抗击疫情的过程中，作为专家组核心成员，盛吉芳提出启用联合抗病毒、适当延长激素应用控制细胞因子风暴、正确氧疗、积极抗感染等措施，指导全省危重患者的会诊、临床救治，带领团队推动全省新型冠状病毒肺炎患者救治成功率高达99.8%。
在此基础上，盛吉芳第一时间总结临床经验，与专家团队共同形成新型冠状病毒浙江诊疗方案，参与编写新冠肺炎防治手册。这份手册全球共有228个国家累计数百万人下载阅读。同时，她与专家团队通过远程连线向全球20多个国家和地区分享新型冠状病毒诊疗经验，解读救治方案，为各地抗击疫情贡献“浙江经验”。
