记者8月11日从江西省林业科学院获悉,该院联合江西省林业科技实验中心,采用PacBio HiFi测序结合高通量染色体构象捕获技术,在国内率先获得首个染色体级别花榈木全基因组。相关研究成果发表于《自然》子刊《科学数据》。
作为豆科、红豆属常绿乔木,花榈木可谓“全身都是宝”。其外形树大荫浓,树干挺拔,寿命长且虫害少,是优秀的景观树;木材是上等木料;根皮、茎及叶均可入药,提取物还可稳定人体中枢神经系统。
但花榈木因种子自然萌发率低,加之环境影响等种种原因,野生种群资源稀少,属于我国珍稀濒危树种。抢救这一珍稀树种,“基因方案”有望给出答案。
研究表明,花榈木染色体级别基因组总大小为2.69Gb。研究人员利用生物信息学工具BUSCO,评估验证基因组完整性达98.20%。此外,研究人员还功能注释到37366个基因,鉴定到2518个rRNA和1120个tRNA等非编码RNA。
该基因组的发布填补了花榈木遗传学研究的空白。作为红豆属物种里少有的大基因组,花榈木高重复序列比例等特征,也为解析豆科基因组扩张机制提供了新视角。此外,该研究还为花榈木药用成分生物合成途径的解析及红豆属相关濒危物种的保护与资源综合开发利用提供了重要分子依据与理论基础。